ChemBioOffice 化學軟體
ChemBioOffice 13
Top Ten New Features
ChemBioOffice® 13 is the latest release of the ChemBioOffice suite of personal productivity tools for chemists and biologists. With this release, ChemBioOffice adds even more power to help scientists efficiently keep track of their work,visualize and gain a deeper understanding of their results and correlate biological activity with chemical structures.
1. Enhanced biopolymer toolbar including D- and L-amino acids,beta amino acids, DNA and RNA
A new biopolymer toolbar enables creation of peptide, DNA and RNA sequences,including beta and D-amino acids, disulfide and lactam bridges and linkers and protecting groups. Draw peptides and nucleotide (DNA, RNA) sequences using 1- and 3- letter codes. Includes natural L-, unnatural D- and beta amino acids.
Simply switch between 1- and 3- letter codes and expand and contract labels.Insert linking and protecting groups with simple type-ahead functionality. Use the bond tool to create disulfide and lactam bridges, and cyclic peptides.
2. Combine and mix sequences, linkers, and protecting groups in single entities
Add protecting groups such as Trt and Fmoc to amino acids containing additional NH2 or OH groups (Arg, Aad). Expand and contract the protected residues like other residues. Merge multiple sequences into one sequence by bonding together their terminal residues.
3. Paste sequences from external sources with full chemistry and control over layout
Paste sequences in the FASTA format. Copy a text string describing a biopolymer as a series of single or multi letter residues, with valid separators (space, tab, dash), and paste it as a sequence. The text string can be generated within or outside of ChemBioDraw.
4. Enhanced clean-up tools for molecules, reactions and biopolymers
Use advanced clean-up tools for molecules, reactions and biopolymers to create attractive and accurate diagrams. Sequences will be automatically cleaned following expansion. When you contract a sequence, the Clean-Up Biopolymer command cleans, and re-arranges the sequence so that the residues are aligned,and wrapped.
5. Save to Dropbox for cloud storage and collaboration
Use cloud storage to save, share and import structures, reactions drawings and 3D models with scientists around the world.
6. New property predictors for pKa, LogD and LogS
Explore important bioavailability properties such as acid dissociation, distribution and aqueous solubility for putative compounds using specialized calculators for pKa, LogD and LogS.
7. New Gel Electrophoresis tool
Draw gel electrophoresis plates using this new tool that provides arbitrary rotation for lane labels, drag and position band labels, paste data from Microsoft® Excel® spreadsheets or other sources, and copy and paste between lanes.
8. Interface to AutoDock for flexible ligand docking
AutoDock helps you determine how one or more small molecules may be arranged to fit inside the cavity of a larger molecule. You choose the molecules, the cavity binding sites, and calculation parameters. AutoDock calculates and displays the conformers and positions of each small molecule that fit your requirements.
9. Interface to CONFLEX® for conformational analysis and detection of minimum energy conformers
Set up CONFLEX® runs to quickly explore conformational space and identify minimum energy conformations for small and large molecules. Using CONFLEX, you can search for low energy conformers of a model and create a fragment for each one in its optimal state.
10. Modern splash screens and updated and clarified icons
ChemBioOffice桌面軟體套裝的三個核心元件-- ChemBioDraw, ChemBio3D和ChemBioFinder/ChemBioViz-均已升級，新增功能詳見以下的介紹。ChemBioOffice桌面軟體套裝還包括已更新的桌上出版企業級應用程式E-Notebook, BioAssay和Inventory，以及訪問ChemACX（化學品供應資訊）線上資料庫和ChemIndex（化合物參考資料庫）的許可。在最新版的ChemBioOffice整體解決方案中還包含了兩個協力廠商軟體，MNova Std/Lite（1維NMR資料視覺化、分析軟體）和STATISTICA Base（資料採擷、統計、分析軟體）還有許多其他工具。
ChemDraw也有很多改進，在上個版本中推出的序列繪製工具目前已支援在殘基間創建兩硫化物鍵，用兩種方式顯示縮氨酸序列，創建、編輯多行序列，使用鍵工具修改序列殘基（DNA、RNA、縮氨酸）。
CambridgeSoft在堅持不懈的改善化學結構式到化學名，以及化學名到化學結構式的轉換工具，其支持非常廣泛。結構式到化學名的轉換工具新增了幾個可識別、命名的結構式類別，包括聚合環、稠環系統、橋接稠環系統、橋接環系統（聚乙烯脂環族碳氫化合物、碳氫化合物）。不管使用者給出的化學名多麼模糊，是何種類型的，Name>Struct一直都在盡最大努力將它們轉換成正確的化學結構式。新版本裡還為使用者在轉換模棱兩可的化學名時增加了一個選項，以便於使用者預覽結果，得到更接近於理想的結構式。
ChemBio3D
ChemBio3D是為化學、生物&生命科學家設計的，用於分子建模、計算，蛋白質藝術級3D呈現的終極應用程式。通過MOPAC、Jaguar、GAMESS、Gaussian介面，為使用者提供從頭開始計算和半經驗計算，以及NMR、IR、拉曼預測和視覺化分析。
ChemBioViz和ChemBioFinder - 新增統計分析工具
ChemBioFinder是一款化學結構、資料、資訊、圖像管理的資料庫軟體。可通過使用者自訂的表格，流覽、創建、搜索、更新本機資料庫或企業中央資料庫（Oracle）中的結構式、數值型、文本型資料，以及連結在字表中的資料。支援整體結構、亞結構、3D結構查詢。
ChemBioViz是ChemBioFinder中集成的一套豐富的資料視覺化分析工具，其中包括一個生物視覺化工具，提供生物活性相關的化學資料。使用ChemBioViz使用者可計算、顯示構效關係、統計資料，包括直條圖、散佈圖、對數座標圖和描述統計，如最小值、最大值、平均值、中間值、標準差等等。另外，最新版的ChemBioOfficeUltra2010還增加了一套統計工具”STATISTICA Base”，Statsoft開發的著名的資料採擷、統計分析軟體，使用者可以直接將ChemBioFinder中的資料導入到STATISTICA Base中進行進一步的統計分析。
Inventory
Inventory Ultra是一套完整的桌上出版的化學品、試劑、生物物質實體的庫存管理、跟蹤系統，與化學品供應資源查找、訂購系統ChemACX互為整合。 通過樹狀地點管理模型，使用者可在Inventory中精確地發現庫存物品的具體存放位置，哪棟建築的第幾層，哪個房間裡的第幾個貨架，貨架的第幾層上的哪個容器中。這套系統強大易用的自訂配置功能使其可滿足各種庫存管理需要。Inventory Ultra還提供伸進索引功能，全面支援條碼，重複校驗， 基於角色的安全管理和訪問材料安全資料表(MSDS)的許可權。線上訪問ChemACX資料庫使使用者在InventoryUltra中即可完成訂購過程。 ChemACX資料庫提供世界主要供應商化學品供應資訊，如Alfa Aesar， Sigma Aldrich，TCI，Lancaster及其他500個支援文本、化學結構式搜索的產品目錄。如今，具備申請管理和購物車功能的最新版的Inventory Ultra，使使用者能夠輕鬆得將化學品使用申請提交給管理者，而管理者則可按需審批這些請求，准許或是拒絕。
E-Notebook
E-Notebook Ultra為您提供了一個可配置的電子實驗室日常記錄軟體，用於取代科技工作者辦公室一角堆積如山的紙質筆記。 通過內置的ChemDraw頁面、微軟的Word、Excel、Powerpoint以及圖譜頁面，伴隨著每次保存，科學家能夠記錄下帶有詳細審核索引的實驗記錄，包括用戶名和時間戳記。其強大的文本、結構式搜索能力深為CambridgeSoft的用戶熟知，在最新版的ChemBioOffice中，E-Notebook也有許多加強：全文檢索搜尋，不僅是檔的題目，而是檔的題目加內容的全文檢索搜尋，查找與新課題相關的歷史實驗記錄中的資訊將易如反掌。作為ChemBioOffice程式在生物實驗記錄上的功能擴展，CambridgeSoft正在為滿足生物&生命科學家的工作流程需要設計生物版的E-Notebook。
BioAssay
BioAssay Ultra支援高通量&低通量篩選、體內生物實驗模型的快速設置。通過方便的設置嚮導，科學家可根據豐富的Plate設置範本靈活的設計實驗模型。導入資料後還可以自由選擇哪些是有效資料，以便於稍後只針對有效資料進行分析。用戶可設定相應的計算公式對導入資料自動執行計算，對應您自訂的擬合曲線。BioAssay Ultra軟體包括了大量圖表選項，讓使用者能夠用不同類型的圖表、顏色、標準偏離指數等顯示計算結果。
